O parque se espalha por uma área de 315 mil hectares - a maior área de proteção integral de Mata Atlântica do país, abrangendo parcialmente 23 municípios. Cerca de 70% do território de São Sebastião estão integrados ao parque, porém, apenas uma única praia da cidade está completamente inserida nos limites da área de preservação: a praia Brava. O parque abriga ainda a Cachoeira do Ribeirão do Itu, com três quedas; e o Sítio Arqueológico de São Francisco, tombado pelo Iphan, com ruínas do século 17 - entre elas, colunas de uma antiga capela, um forno de melaço e parte de um sistema de captação de água das cachoeiras.

Para percorrer as duas trilhas existentes no parque é obrigarório contratar guia. A sede fica em Juqueí, a 50 quilômetros do Centro de São Sebastião. As atrações, porém, estão ao longo da Rio-Santos.