Perfeita para a prática de flutuação e mergulho, tem peixes coloridos e águas azuis que impressionam pela incrível transparência e visibilidade. A Lagoa Misteriosa é considerada a sétima caverna mais profunda do país e uma das mais profundas cavernas inundadas do Brasil, atingindo mais de 220 metros de coluna d'água. O passeio começa em uma trilha que leva ao mirante, de onde é possível contemplar toda a beleza da vegetação que cobre a lagoa. O acesso ao espelho d'água é feito por uma escadaria de 170 degraus. 

As atividades de flutuação e mergulho (batismo) ficam suspensas entre os meses de outubro e abril por conta da proliferação de microalgas, que reduzem a visibilidade. Apenas mergulhadores certificados podem realizar a atividade no período.