Próxima à hidrelétrica de Jupiá, Três Lagoas está situada sobre um dos maiores lagos subterrâneos do planeta, o Sistema Aquífero Guarani. Graças a ele, rios, lagoas, córregos e ribeirões se fazem presente na paisagem da região.
Um dos cartões-postais da cidade é a ponte Francisco de Sá, inaugurada em 1926, com 1.024 metros de comprimento. A obra, que fica sobre o rio Paraná, faz a ligação da ferroviária entre os estados de São Paulo e Mato Grosso do Sul.