A prova de que a região foi habitada há alguns milhares de anos está nas dezenas de sítios arqueológicos encontrados pela região. De norte a sul na Chapada, é possível encontrar traços de desenhos rupestres que encantam estudiosos, admiradores e leigos. 

O Complexo Arqueológico Serra das Paridas é destaque em Lençóis. Descoberto por catadores de mangaba após um incêndio florestal em 2005, o local dispõe de quatro áreas para visitação, sendo considerado pelos especialistas um verdadeiro mostruário de estilos pictóricos.

Aqui estão as Pinturas Rupestres da Serra Negra e o sítio arqueológico do Matão, uma área bastante verde, acidentada e com formações rochosas em toda a sua extensão.

Com mais de 200 sítios arqueológicos, a cidade de Morro do Chapéu, na Chapada Norte, é um dos municípios envolvidos no Programa de Pesquisa e Manejo de Sítios de Arte Rupestre “Circuitos Arqueológicos da Chapada Diamantina”. Com território diferenciado e único, Morro do Chapéu apresenta um verdadeiro mosaico de pinturas, com formas geométricas e abstratas. Em Jacobina, conhecida como a “Cidade do Ouro”, também é possível viajar por esta arte milenar.

Na Chapada Sul, na comunidade da Raposa, próximo a Ibicoara, existe um sítio impressionante de pinturas rupestres com um painel deslumbrante. A visitação ainda não está totalmente regulamentada, por isso é importante conhecer o lugar acompanhado por um condutor da comunidade do Baixão, por onde começa a trilha.

Além desses municípios, é possível conhecer sítios arqueológicos em Iraquara, Mucugê, Seabra e Rio de Contas.